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公司机关设置办公室、党委工作部、董事会办公室、规划发展部、人力资源部、资产财务部、投融资管理部、工程管理部、经营管理部、法务审计部、安全监管部、纪检监察部12个部门及巡察办，下设云南交通发展资本管理有限责任公司、云南交发项目管理有限公司、云南交发投资开发经营有限公司、云南交发公路工程有限公司、云南交发元创交通工程技术咨询有限公司、云南公路建设监理有限公司6个二级子公司。
